Der Bezugspunkt ist der Erzählzeitpunkt. Vor diesem Zeitpunkt hat eine Handlung stattgefunden, die für den Erzählzeitpunkt noch relevant ist. Eine Ersetzung durch das indefinido wäre nicht möglich, weil dieser die Irrelevanz einer Handlung einer Handlung für die Gegenwart betont. Was wir brauchen ist aber die Beschreibung der Relevanz einer Handlung für einen Zeitpunkt der Vergangenheit.

Hier ist es aber so, dass die Resultate der Handlung der Vorvergangenheit eine Rolle spielen, das Messer ist nämlich weg.

... habían sido cambiadas ... ist ein Vorgangspassiv im Plusquamperfekt.

Julio Cortázar konstruiert völlig analog.
Busqué, pues, el cuchillo que llevaba conmigo cuando me condujeron a las cámaras inquisitoriales; había desaparecido, y en lugar de mis ropas tenía puesto un sayo de burda estameña.

Wir werden weiter unten das pluscuamperfecto noch einmal ausführlich diskutieren.